1 bioconda管理bioconda是目前最好用的生物软件管理方式，可以完成绝大部分生物软件的管理工作，支持虚拟环境隔离不同的使用环境。虽然bioconda也存在一定的问题，例如运行速度慢，检索慢等问题，但依然是首选的生物软件安装方式。bioconda通过一条命令即可完成绝大部分生物软件的安装。目前已经是最好的生物软件管理工具之一，目前支持超过7000多款生物软件的安装。官方网址：http://bioconda.github.io/我们以bwa软件安装为案例

#使用bioconda安装bwa软件conda install -y bwa

2 mamba由于biocodna速度较慢，且conda程序和一些软件源归Anaconda商业公司所属，于是conda-forge社区推出了一个独立程序，
目前有更好用的mamba工具可以替代biocodna，且是一个独立的安装程序，推荐使用Miniforge3来替代。conda-forge项目：https://conda-forge.org/#aboutMiniforge3是目前首选的生物软件安装方法。参考下面的文章。
现在最先进的安装生物软件方法

#使用mamba安装bwa软件mamba install -y bwa

3 pixipixi可以作为下一代的mamba工具，是一个跨平台、多语言的包管理器和工作流工具，建立在 conda 生态系统的基础上。它为开发人员提供了类似于流行的包管理器的体验，但适用于任何语言和“系统级”包。 

最新一代包管理器pixi

#使用pixi安装bwa软件pixi global install -c bioconda bwa

4 系统工具

无论是bioconda，mamba还是pixi，都可以以普通账号来运行，不需要管理员账号。如果是系统管理员，可以使用apt工具来进行安装，不过apt工具只能用于Debian类系统，例如Debian或者Ubuntu，如果是redhat类系统，使用yum工具，无法使用apt工具。

#使用apt安装bwa软件apt install -y bwa

5 源代码编译

源代码编译是最不推荐的方法，一个原因是很难解决掉软件之间的依赖关系问题，另一方面，每次升级都需要重新编译安装，非常麻烦。源代码编译对于生物软件来说没太多好处。

# 源代码编译安装cd /ifs1/Software/srcgit clone https://github.com/lh3/bwa.gitcd bwa; make

6 直接下载二进制版本

如果软件有二进制编译好的版本，也可以直接下载编译好的版本。

# 下载二进制版本wget https://github.com/torognes/vsearch/releases/download/v2.8.2/vsearch-2.8.2-linux-x86_64.tar.gztar -zxvf vsearch-2.8.2-linux-x86_64.tar.gz

7 Docker

Docker是一种容器技术，是一种轻量级的虚拟机，有很多生物软件通过docker来发布，docker使用没有bioconda方便，尤其是输入文件的时候，每次都需要挂载目录。不过docker默认是以管理员账号运行的 ，虽然可以设置rootless模式，使用起来也不方便。如果一个软件可以使用bioconda使用，尽量不选择docker

8 Apptainer

与docker类似，也是一种容器技术，但解决了Docker的诸多缺点，更适合生物软件来使用。Apptainer就是之前的Singularity。而且可以直接拉取数量庞大的Docker镜像，直接生成一个本地文件，当bioconda无法安装的时候，可以选择Apptainer，熟练使用Apptainer，几乎可以解决全部生物软件安装问题。